Havna var grunn og dårlig før den ble mudret opp på 1930-tallet. To moloer ble bygd i årene 1930–1936, den lengste er 450 meter lang.

Skjærvær er vernet som naturreservat og fuglefredningsområde. Skjærvær ble fredet etter Lov om kulturminner i 1996, og Vegaøyan (inkludert Skjærvær) har stått på UNESCOs verdensarvliste siden 2004. Etter at Skjærværet ble fredet, har det foregått et omfattende istandsettingsarbeid på bolighus, uthus, brygger og ærfuglhus, totalt 20 bygninger. Om Skjærværet er fraflytta, gir det likevel et godt innblikk i hvordan folk tidligere levde på Vegaøyene.